राइज ऑफ प्लैनेट ऑफ द एप्स में कहानी शुरू होती है सैन फ्रांसिस्को में वर्तमान दिन से जहां मनुष्य बन्दरों पर जेनेटिक इंजीनियरिंग के प्रयोग कर रहा है। एक प्रयोग से वानरों में बुद्धि का विकास होता है और शुरू होता है मनुष्य और वानरों के बीच नेतृत्व और वर्चस्व के लिए एक युद्ध।